Vor der Eroberung durch die Spanier lebten vorwiegend Angehörige der Völker der Lenca und der Maya in dem Gebiet der heutigen Republik Honduras. Nahe der Grenze zu Guatemala können die Ruinen der Mayastadt Copán besichtigt werden. Copán war bis ins neunte Jahrhundert hinein eines der wichtigsten Zentren des Maya-Reiches.

1502 erreichte Kolumbus das Land, und bald danach begann die Eroberung durch die Conquistadores. Die Lenca konnten sich lange Zeit gegen die Truppen des Spaniers Pedro de Alvarado behaupten. Daraufhin lud der brutale Eroberer den Führer der Widerstandskämpfer, Lempira, zu Friedensgesprächen ein. Auf der Konferenz ließ er ihn 1539 ermorden. Wenig später übernahm die spanische Krone die Kontrolle über das gesamte Territorium.

Gegen Ende des neunzehnten Jahrhunderts - Honduras war inzwischen eine unabhängige Republik - wurde die Ausbeutung von Erzminen zum Rückgrat der Wirtschaft. Die Arbeit in den Stollen leisteten vorwiegend Garifunas, Angehörige eines Volkes afrikanischer Herkunft.

Im Jahr 1898 legte die US-amerikanische United Fruit Company die ersten Bananenplantagen in Honduras an. Der Konzern kontrollierte bald nicht nur Eisenbahnlinien, Häfen und riesige Ländereien, sondern auch die wichtigsten Entscheidungen der Regierung. Heute ist Honduras auch deshalb eine der ärmsten Nationen Lateinamerikas, weil die United Fruit Company kaum an der Entwicklung der sozialen Infrastruktur des Landes interessiert war.

Nach Jahren der Militärdiktatur fanden 1981 freie Präsidentschaftswahlen statt. Seitdem erlebt Honduras einen langsamen Prozess der Demokratisierung. Die wirtschaftliche Entwicklung erlitt im Oktober 1998 einen harten Schlag. Der Hurrikan Mitch richtete enorme Schäden an. Über siebentausend Menschen starben.